Die Geschäftsleitung koordiniert die Schule Kloten im Auftrag der Schulbehörde. Sie bereitet die Sitzungen und Geschäfte der Schulbehörde vor und begleitet die Umsetzung der strategischen Beschlüsse. Als Bindeglied zu den einzelnen Schulen und Dienststellen koordiniert die Geschäftsleitung den operativen Betrieb, leitet die grösseren Projekte der Schule und wickelt die Planungs- und Finanzprozesse ab.
Die Geschäftleitung ist zudem Anlaufstelle für alle Anliegen, die nicht durch die einzelnen Schulleitungen alleine gelöst werden können. Auch Elternanliegen, die nicht von der jeweiligen Schulleitung behandelt werden können, gelangen in nächster Instanz an die Geschäftsleitung.
Die Geschäftsleitung setzt sich wie folgt zusammen: